Przy wyborze posiłków należy kierować się świadomością naszych ewolucyjnych korzeni. Dieta naszych przodków, bogata w naturalne i nieprzetworzone produkty – warzywa, dzikie rośliny, orzechy, nasiona i produkty zwierzęce – dostarczała prebiotyków, które karmiły zdrowy mikrobiom. Współcześnie oznacza to bezwzględne unikanie wysoko przetworzonej żywności, sztucznych dodatków, nadmiaru cukru oraz rafinowanych olejów roślinnych (bogatych w prozapalne Omega-6), które są biologicznym ciałem obcym dla naszego gatunku. Odrzuć mit owoców „bez limitu”. Współczesne, selekcjonowane odmiany to bomby fruktozowe, które obciążają wątrobę i karmią patogeny, drastycznie różniąc się od swoich dzikich, cierpkich pierwowzorów. Zakłócenia mikrobiomu są również powodowane przez nadużywanie antybiotyków. Choć bywają one niezbędne, niszczą także pożyteczne bakterie, prowadząc do dysbiozy. Spożywanie naturalnych produktów dostarcza błonnika, który stanowi paliwo dla korzystnych bakterii, umożliwiając im produkcję krótkołańcuchowych kwasów tłuszczowych (SCFA), takich jak maślan, odżywiający komórki jelit.

Około 90% serotoniny wytwarzanej w ciele pochodzi z jelit. Zdrowy mikrobiom sprzyja jej optymalnej produkcji, co bezpośrednio przekłada się na emocjonalną stabilizację oraz odporność na stres. Zmiany w diecie odbiegające od ewolucyjnego modelu wymuszają niekiedy suplementację witaminą B12, choliną, kwasami Omega-3 czy aminokwasami, by wypełnić luki nowoczesnego środowiska.